《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》的故事仍旧是在下水道里展开，只不过分成了小顽皮、爱丽、大顽固三个系列，玩家需要通关小鳄鱼篇才能解锁后面关卡，故事内容将围绕小顽皮和女友爱丽以及大顽固的三角恋。看来玩家将不仅要帮助小顽皮洗澡，还得帮他泡妞。
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡1全新开始：小顽皮
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡2深挖：小鸭快跑
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡3闪电反应：上下颠倒
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡3闪电反应：小顽皮
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡4水闸：避开鸭子
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡4水闸：小顽皮
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡5分隔和征服：避开鸭子
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡5分隔和征服：小顽皮
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡6向上调：小顽皮
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》下水道：关卡6向上调：钻孔机
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》关卡7水蒸气生物联系：避开鸭子
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》关卡7水蒸气生物联系：小顽皮
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》关卡8水蒸气管理员：爱丽
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》关卡8水蒸气管理员：上下颠倒
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》关卡9迎接挑战：鸭子快跑
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》关卡10两边看路：爱丽
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》关卡10两边看路：避开鸭子
《鳄鱼小顽皮爱洗澡2》关卡10两边看路：上下颠倒
